3月1日，全国工商联环境商会向媒体公开了四份提案。其中，《关于环保行业税收政策调整的影响与建议》提出，对污水、垃圾、危废、医废、污泥处理等免征增值税或增加返还比例。
2015年6月12日，财政部和国家税务总局印发了《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》。该文规定，污水垃圾处理、再生水和污泥处理劳务，自2015年7月1日起征收增值税。污水、垃圾及污泥处理劳务在缴税后返还70%，即需要缴纳30%的增值税;再生水产品缴税后返还50%，即需要缴纳50%的增值税。
而在78号文实施前，根据《财政部、国家税务总局关于污水处理费有关增值税政策的通知》规定，对各级政府及主管部门委托自来水厂随 水费收取的污水处理费,免征增值税。
《国家税务总局关于污水处理费不征收营业税的批复》也明确，按照营业税暂行条例规定的营业税征税范围,单位和个人提供的污水处理劳务不属于营业税应税劳务,其处理污水取得的污水处理费,不征收营业税。
3月1日，博天环境集团董事长兼总裁赵笠钧在环境商会召开的媒体见面会上表示，从实际运行情况来看，78号文不但没有减少税负，实际增加了环保企业的税负负担。
上述提案指出，根据财政部、国家税务总局《关于增值税营业税消费税实行先征后返等办法有关城建税和教育费附加政策的通知》 的规定,对增值税、营业税、消费税实行先征后返、先征后退、即征即退办法的,除另有规定外,对随“三税”附征的城市维护建设税和教育费附加,一律不予退还。随增值税额附征的城市维护建设税比例为 7%, 教育费附加比例为 3%,地方教育费附加比例为2%。此外还规定，对于返还的增值税,视同政府补贴收入,征收所得税。
提案指出，上述税负,累计约占污水、垃圾、危废处理费收入的4%-7%。造成利润 率本就很低的环保企业利润大幅下降,甚至导致一些经营情况本就不好的 环保企业出现亏损。此外，延迟退税造成环保企业流动资金数额增加，导致了融资数额及相应资金成本提高，运营成本增加。
该提案显示，以污水处理厂为例,按照污水行业平均处理情况：一个日处理5万吨的污水处理厂,处理单价0.8元/吨,增值税即征即退70%。执行78号文之前,企业的净利润为82.8万元,执行78号文及营改增之后,企业的净利润为30.3万元,净利润下降了63%。
自78号文实施以来，有企业反映，部分地区存在“只征不返”或返税不及时的现象。
2016年1月，E20环境平台曾发起“78号文增值税收缴、返还情况”的调查。结果显示，确有部分地区存在未返还或返还不及时的情况。例如，由于“78号文”的目录对工业固废列举不全面，结果导致一些地方税务机关对目录中未列举的工业固废品类不予享受增值税退税70%的政策，使得企业最终实际税负高达16.5%左右，成本大幅增加。
此外，也有部分城市的税务工作人员由于对新的文件政策不熟悉，或是业务不熟练等原因，导致增值税退税70%返税不及时，影响到了环保企业的现金流，以及项目的再投资。
关于“先征后返”的问题，赵笠钧指出，78号文没有规定“什么时候征”、“怎么样返”。他建议78号文应明确上述问题，不让环保企业有税负的增加。
“如果不做工作，这个返的时间就有极大的不确定性。征了之后再返，可能还会造成一些其他隐性的成本。”赵笠钧说。
《关于环保行业税收政策调整的影响与建议》提出，对污水、垃圾、危废、医废、污泥处理等免征增值税或增加返还比例;对即征即退的增值税免征所得税;区别对待营改增实施前投产项目和实施后投产项目;对应税负的增加，启动调价或补贴机制，用以抵扣税收政策调整对环保企业的影响。
《提案》建议出台退税细则，解决延迟退税的问题，并规范、明确企业办理退税应提交的材料。
78号文规定：“因违反税收、环境保护的法律法规受到处罚的，自处罚决定下达的次月起36个月内，不得享受增值税即征即退政策。”对此，《提案》建议完善相关细则,对于不属于环保企业原因造成的超标问题，免除“不得享受增值税即征即退政策”的处罚。